Zentrale Ziele des NGP sind die Sicherung und Entwicklung des naturschutzfachlich hochwertigen Grünlands, v.a. der Berg-Mähwiesen, die Ausweisung großer Prozessschutzflächen im Wald, die Wiedereinführung historischer Nutzungsformen an den Vogelsbergteichen sowie die Restitution des noch regenerierungsfähigen Hochmoores „Breungeshainer Heide“, das neben dem Roten Moor in der Rhön zu den einzigen Hochmooren Hessens zählt. Dies soll durch die ökonomische Sicherung extensiver bzw. naturschutzorientierter Landnutzungsformen erreicht werden.
In der Projektphase I (2011-13) wurde ein Pflege- und Entwicklungsplan (PEPL) mit sozioökonomischer Analyse erarbeitet und mit allen Mittelgebern, Behörden und öffentlichen Flächeneigentümern abgestimmt. Die Erfordernisse der betroffenen Landwirte wurden durch eine Betriebsbefragung ermittelt und die Planung hinsichtlich der potenziellen Akzeptanz in Phase II (Umsetzung) überprüft. Im Jahr 2012 wurden eine Biotoptypenkartierung auf 4.792 ha durchgeführt und zusätzlich umfangreiche floristische (pflanzensoziologische Kartierung, Einrichtung von Dauerbeobachtungsflächen, Artkartierungen von Gefäßpflanzen, Moosen, Pilzen und Flechten) und faunistische (Vögel, Tagfalter, Fische, Fledermäuse, Käfer und Feuersalamander) Indikatoren untersucht.